Сдружение в обществена полза „Национална Агенция за Контрол на Защитените Територии“ работи по съвместни програми с Федерация Юропарк (EUROPARC), Европейската Рейнджърска Федерация (ERF) и Международната Рейнджърска Федерация (IRF) и си сътрудничи с държавни институции, местни власти и юридически лица във всички области свързани с опазване и на защитените природни територии. Дейността на НАКЗТ включва:

• Осъществяване на системен мониторинг за спазване на екологичните изисквания за естествените местообитания и видовете в защитени територии или зони в опасност от потенциална загуба на биоразнообразие (критични зони);
• Поддържане на установените отношения с европейски и световни организации и институции работещи в същата сфера на дейност;
• Сътрудничество с други обществени организации и държавни институции за запазване и възстановяване на типовете местообитания и видовете в защитените зони, както и по приоритети свързани с европейската мрежа „Натура 2000“, резерватите и националните паркове;
• Комплексно основно и последващо специализирано обучение на кадри за позициите „планински патрул“ и „рейнджър“ по Стандартите на EUROPARC Federation, European Ranger Federation и International Ranger Federation;
• Граждански контрол и превенция на заплахите от увреждане или унищожаване на видовете в уязвими зони, включително заплахите породени от климатичните промени;
• Действия свързани с повишаване на информираността за природозащитните мерки в защитените територии;
• Мониторинг и изследвания на карстовите извори и уязвимите водоизточници в карстовите местности;
• Интегриране на европейските постижения и добри практики относно създаване и опазване на защитени територии;
• Сътрудничество с европейски, национални  и други международни организации, управляващи защитени територии.
• Изготвяне на политики и предложения за законодателни инициативи.