В изпълнение на ангажиментите към европейските си партньори НАКЗТ осигурява приоритетно мониторинг на Защитена зона „Западна Стара Планина и Предбалкан“ BG0001040, както и в защитени територии в рамките на европейската Екологична мрежа „Натура 2000“.