Сдружение в обществена полза “Национална Агенция за Контрол на Защитените Територии” сътрудничи с Министерство на Околната Среда и Водите (МОСВ) и други държавни институции, местни власти и юридически лица във всички области свързани с опазване и контрол на защитените природни територии. Дейността на НАКЗТ включва:

• По споразумение с МОСВ, осъществяване на системен контрол и мониторинг за спазване на екологичните изисквания за естествените местообитания и видовете в защитени територии или зони в опасност от потенциална загуба на биоразнообразие (критични зони);
• Поддържане на установените отношения с европейски и световни организации и институции работещи в същата сфера на дейност;
• Сътрудничество с други обществени организации и държавни институции за запазване и възстановяване на типовете местообитания и видовете в защитените зони, както и по приоритети свързани с европейската мрежа „Натура 2000“, резерватите и националните паркове;
• Комплексно основно и последващо специализирано обучение на кадри за позициите „планински патрул“ и „рейнджър“ по Стандартите на Europarc Federation и 0025/GS-3 (U.S. General Schedule Qualification Standards);
• Контрол и превенция на заплахите от увреждане или унищожаване на видовете в уязвими зони, включително заплахите породени от климатичните промени;
• Действия свързани с повишаване на информираността и управление на достъпа и човешката дейност в защитените територии;
• Мониторинг, изследвания и контрол на карстовите извори и уязвимите водоизточници в карстовите местности;
• Интегриране на европейските постижения и добри практики относно създаване и опазване на защитени територии;
• Сътрудничество с национални, европейски и други международни организации управляващи защитени територии.
• Изготвяне на политики и предложения за законодателни инициативи.